Es folgte eine eineinhalbjährige, von manchen Rückfällen unterbrochene Genesungszeit, deren Dauer zu einer tiefgehenden Verstimmung mit dem Vater führte. Während der Rekonvaleszenz wurde er fürsorglich von der Mutter und seiner Schwester gepflegt. Während er sich noch auf dem Krankenlager langweilte, schrieb er eine freche Kriminalkomödie. Eine Freundin der Mutter, Susanne von Klettenberg, brachte ihn mit pietistischen Vorstellungen der Herrnhuter in Berührung. So beschäftigte er sich einige Monate lang eingehend mit Mystik, Alchemie und Seelenerforschung.

Im April 1770 verlor der Vater die Geduld, Goethe verließ Frankfurt, um in Straßburg sein Studium zu beenden.

Wieder aber kümmerte er sich wenig um die trockenen Repetitorien. Im Elsass blühte er auf; kaum eine andere Landschaft hat er später ähnlich liebevoll beschrieben wie jene Rheingegend. In der Tischgesellschaft seiner Pension lernte er mit dem armen Johann Heinrich Jung-Stilling eine Lebensgeschichte aus dem Volk kennen. Weitere Bekanntschaften waren Lerse und Lenz. Entscheidende Anregungen aber gab Herder, der sich wegen einer Augenoperation in Straßburg aufhielt und den der junge Mann ansprach. Herder war die erste überlegene Persönlichkeit, die Goethe kennenlernte. Seine Führung war unbarmherzig, er putzte die zierlichen Gemmen und die geliebte römische Dichtung als flache Kopien herunter und öffnete dem Jüngeren die Augen für die dramatische Gewalt Shakespeares. Er machte ihn mit den damals eben veröffentlichten Gesängen Ossians vertraut und erschloss ihm die Poesie der Völker. Nicht Stammbäume und Schlachten seien wichtig, sondern das Werden und Wesen der Völker, sichtbar in ihrer unverbildeten Dichtung: dem Alten Testament, Homer, Mythen und Sagen. Dieser ganzheitliche Ansatz kam Goethes Art zu denken nun sehr nahe und beeindruckte ihn zutiefst.

In Straßburg erlebte er zum ersten Mal altdeutsche Baukunst. Der Eindruck der gewaltigen Massen, die sich – „einfach und groß“ – gen Himmel türmen, führt wenig später zu der begeisterten Schrift „Von deutscher Baukunst D. M. Erwini a Steinbach“.

Auf einem der vielen Ausflüge kam er in dem Dorf Sesenheim in ein gastfreundliches Pfarrhaus und verliebte sich in eine der Pfarrerstöchter, Friederike Brion. Nach einem Jahr jedoch machte er Schluss (Lenz schrieb in diesem Zusammenhang von einem Menschen „welcher kam und ihr als Kind das Herze nahm“). Aus der Straßburger Zeit stammen Gedichte, darunter z. B. „Willkommen und Abschied“, „Sesenheimer Lieder“ und „Heideröslein“.

Die vom Vater ersehnte juristische Dissertation gestaltete er mit seinen eigenwilligen Ideen so, dass sie nicht einmal zur amtlichen Zensur angenommen wurde. Die Arbeit mit dem Titel De legislatoribus ist nicht erhalten. Der Theologieprofessor Elias Stöber bezeichnete Goethe als überwitzigen Halbgelehrten und … wahnsinnigen Religionsverächter.[5] Dennoch konnte Goethe durch eine Disputation am 6. August 1771 in Straßburg das Lizentiat erhalten. Grundlage waren 56 Thesen in lateinischer Sprache unter dem Titel Positiones Juris. In der vorletzten dieser Thesen spricht er die Streitfrage an, ob eine Kindsmörderin der Todesstrafe zu unterwerfen sei. Das Thema greift er später in der Gretchentragödie in künstlerischer Form wieder auf.

Seine Ausbildung war damit abgeschlossen; man bot ihm eine Karriere im französischen Staatsdienst an. Die aber lehnte er ab. Er wollte sich nicht binden, sondern ein „Original-Genie“ sein.